Parmi les « manuscrits personnels de Florus de Lyon » à proprement parler, il faut distinguer deux grandes catégories. Les manuscrits qui touchent Florus mais avec un lien « personnel » moins évident ou moins avéré sont regroupés dans une troisième catégorie.
Il s'agit de manuscrits contenant des œuvres de Florus, écrits sous sa direction, de son vivant, généralement relus par lui et amendés de sa main.
Il s'agit de manuscrits d'autres auteurs, qui se trouvaient au scriptorium de Lyon, et sur lesquels Florus a travaillé.
Au total tous ces manuscrits seraient plus d'une centaine. On ne répertoriera ici que ceux qui sont numérisés et accessibles en ligne.
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