Parmi les « manuscrits personnels de Florus de Lyon » à proprement parler, il faut distinguer deux grandes catégories. Les manuscrits qui touchent Florus mais avec un lien « personnel » moins évident ou moins avéré sont regroupés dans une troisième catégorie.

I. Les originaux floriens

Il s'agit de manuscrits contenant des œuvres de Florus, écrits sous sa direction, de son vivant, généralement relus par lui et amendés de sa main.

II. Les lectures de Florus

Il s'agit de manuscrits d'autres auteurs, qui se trouvaient au scriptorium de Lyon, et sur lesquels Florus a travaillé.

III. Autres

3.1 : Copies d'originaux floriens

3.2 : Manuscrits lyonnais (qui se trouvaient à Lyon au IXe siècle mais sur lesquels on ne détecte pas d'activité de Florus)

Au total tous ces manuscrits seraient plus d'une centaine. On ne répertoriera ici que ceux qui sont numérisés et accessibles en ligne.